Collezioni
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2000–2001: "Serie 2" e maturità tecnica
Quest'epoca ha introdotto set di booster principali come Magic Ruler e Pharaoh's Servant, insieme a ristampe strutturali come le serie ME (Metal Raiders) e PE (Pegasus).
Affinatezza delle regole: L'introduzione delle "Regole Esperte" ha reso obbligatori i tributi per i mostri di livello 5 o superiore, dando vita al gameplay tattico conosciuto oggi.
Revisione visiva: I frame delle carte sono stati ridisegnati con caselle di testo più grandi per ospitare effetti mostro sempre più complessi. Le carte hanno anche ottenuto codici di identificazione ufficiali e il timbro di sicurezza dell'Occhio di Anubi.
Innovazioni premium: Questo periodo ha segnato il debutto delle primissime finiture Secret Rare e Ultimate Rare giapponesi, caratterizzate da distinte texture in rilievo 3D uniche degli impianti di stampa giapponesi.